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医学部および6年制の歯学部、獣医学部、薬学部の卒业生あるいは修士课程修了者を対象としています。

医学研究系専攻では、基础医学と临床医学の関连分野において独创性の高い基础研究や疾患の病态メカニズムの解明や难病の治疗法の开発に繋がる研究を遂行できる研究者を育成します。??

世界トップレベルの医学研究者、医疗科学研究者の育成を目指し、讲义形式で行われる基础?临床医学、医疗関连领域に関する科目を履修し、研究活动に従事し、博士论文を作成します。国际的かつ実践的な研究遂行能力と研究创案能力を身につけられるようにカリキュラムを编成しています。具体的なタイムスケジュールとして、1年次の4月に履修申告を行い授业科目の履修を开始するとともに、指导教员と密に相谈して研究を开始します。1年次の7月には、研究を长期的に确実な展望のもとに进められるようにするために、4年间の研究计画を提出し、医学研究科委员会で承认されることが必要です。2年次终了までに、原则として主科目?副科目の全単位を取得します。3年次の履修内容审査を経て、4年次11月上旬迄に博士论文を提出し、医学研究科委员会で受理されたのち、1月顷博士论文审査で审査を受けます。3月迄に医学研究科委员会で博士论文合格の承认を受けると、修了（课程博士号取得）となります。

慶應義塾大学医学部は1873（明治6）年創設の「慶應義塾医学所」を経て1920（大正9）年に私学で最初の大学医学部としてスタートし、医学研究科博士課程は1956（昭和31）年4月に新制大学院として開設され、基礎系の3専攻系（生理系、病理系、予防医学系）と臨床系の2専攻系（内科系、外科系）の5専攻により長年運営されてきました。しかしながら、慶應医学の祖である北里精神、すなわち「基礎医学と臨床医学の連携を緊密にし、学内は融合して一家族の如く」の心情に立脚した基礎?臨床一体型の研究体制が、COE（Center of Excellence）プログラム採択以降、軌道に乗り盛んになって来ました。その結果、臨床系の大学院生が総合医科学研究センターなどの優れた研究施設をフルに活用し、基礎教室と臨床教室の共同研究の成果が発表されることが多くなり、これらを融合させ、ひとつの学問体系として発展させるため、これまでの5つの専攻を「医学研究系専攻」として一つにまとめました。

2007年度には、临床の各诊疗科の枠をこえ、基础?临床の英知を结集させた质の高い癌の専门家を育成しようという机运が高まり、文部科学省のサポートを受けて「がんプロフェッショナル养成基盘推进プラン（がんプロ）」がスタートしました。このような人材を、学位授与が出来る大学院の教育の一環として養成する必要性が出てきました。また外国と比較して臨床研究が弱いとされるわが国において、New England Journal of Medicineに掲載されるような優れた臨床研究をデザインし、マネージできる人材を養成することも急務となってきています。このような医療に関わる新しい形の人材育成を大学院として行うためには、これまでの医学研究科の体制では対処しきれないため、2009年度に「医療科学系専攻」を立ち上げました。すなわち、医学研究科は、これまでの5専攻をまとめた「医学研究系専攻」と、新たな「医療科学系専攻」の2専攻体制に新しく生まれ変わり、2009年4月入学者より、2専攻体制の募集と選抜を開始しました。

また、国内提携先の国立がん研究センター?理化学研究所脳科学総合研究センター?静冈県立静冈がんセンター等で学位取得のための研究を行うことも认めています。

医学研究科博士課程の必修科目である、主科目講義(医学特別講義、医科学方法論、生命倫理学)は、その多くが英語で実施されており、日本人学生と留学生の区別を設けずに、国際的かつ実践的な学びの場を提供しています。医学研究科に在籍する留学生の人数は年々増加しており、2016年に18人だった人数が、2019 年には35 人、2021 年4 月には53 人の留学生が互いに切磋琢磨しあいながら学んでいます。各研究室に外国人研究者が在籍しており、海外医学部からの短期留学生も多く訪れています。

また、大学院生には海外学会への参加や留学を奨励し、国际的に活跃できる研究者の育成に注力しています。庆应医学会の例会や各研究室の主催するセミナーでは、第一线で活跃する国内外の研究者から最先端の研究内容を学ぶことができ、国际的な研究の连携が推进されてきました。

2020年度は新型コロナウイルス感染症拡大の影响で海外渡航等は制限がありましたが、国际的な共同研究は活発に継続されています。

医学研究科博士課程では、2011年より、カロリンスカ医科大学、北京大学医学部、キングス?カレッジ?ロンドン（2014年より参加）と合同サマースクール（Joint Summer School）を開講しています。毎年、参加校のいずれかを会場に、レクチャーコースとラボワークを実施し、参加者はプログラムに全日程参加することで所属校の単位を取得できる単位互換プログラムです。将来的にはダブルディグリープログラムへの発展を目指しています。

また、海外のBroad Institute of MIT and Harvard(米国)、カロリンスカ研究所(スウェーデン)、UCSF Gladstone研究所（米国)、 UCSD(米国)、 INSERM(フランス）など世界トップレベルの研究機関と提携を結び、共同研究や留学により研究を発展させる機会も提供しています。