内务省はドイツで业绩を挙げた北里の帰国を待ちわびていた。当时、急务であった感染症?结核対策のため、国立の伝染病研究所を设立する準备を进めていたからだ。北里が帰国したのは1892(明治25)年。しかし帝国议会で伝染病研究所设立が承认されるまでに最低2年を要することが判明した。北里の上司になっていた长与専斎は、またしても福泽に相谈した。すると福泽は私立の伝染病研究所设立案と援助を约束し、同年に伝染病研究所が设立された。福泽諭吉57歳、北里柴叁郎40歳。二人の亲交はこの时から始まり、北里にとって福泽は生涯の师といえる存在となった。
「…呜呼悲哉(かなしいかな)。余は衷心実に师父を丧いたるの感あり。…余不敏といえどもまたその遗业を守り、その遗训を体し、切磋研钻をもって万一の报恩を期せんとす」。福泽の死(1901年)に际して、北里が寄せた弔辞の抜粋である。